| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-8-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-200b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bfl-Mir-8-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P3a Ami-Mir-8-P3a Asu-Mir-8 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P3 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P3a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P3a Cgi-Mir-8 Cli-Mir-8-P3a Cmi-Mir-8-P3a Cpi-Mir-8-P3a Cpo-Mir-8-P3a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P3a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P3a Dre-Mir-8-P3b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Ebu-Mir-8-P3o1 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P3a Gga-Mir-8-P3a Gja-Mir-8-P3a Gmo-Mir-8-P3a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P3a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P3a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P3a Mal-Mir-8-P3a Mdo-Mir-8-P3a Mml-Mir-8-P3a Mmu-Mir-8-P3a Mun-Mir-8-P3a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P3a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P3a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P3a Pfl-Mir-8 Pma-Mir-8-P3o2 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P3a Sha-Mir-8-P3a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P3a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P3a Tca-Mir-8 Tni-Mir-8-P3a Xla-Mir-8-P3a1 Xla-Mir-8-P3a2 Xtr-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049992.1: 3174683-3174743 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P3) |
Mir-8-P3
NC_049992.1: 3174683-3174743 [-]
UCSC
Mir-8-P2 NC_049992.1: 3177478-3177535 [-] UCSC Mir-8-P1-v1 NC_049992.1: 3180219-3180276 [-] UCSC Mir-8-P1-v2 NC_049992.1: 3180219-3180276 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAAUGCCGCACAGUUUGGGAUCUCGGCAACAUCUUACCAGGCAGCAUUUAGUUUUUGAAAGGAAUACUAAUACUGUCUGGUAAUGAUGUUGGUGGGGUUCAAACAGUCAUCAUGGUCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAAUGCCGCACAGUUUG-- G -| CAU UUUUGA GGAUCUCG CAACAUC UUACCAGGCAG UUAGU \ CUUGGGGU GUUGUAG AAUGGUCUGUC AAUCA A UACCUGGUACUACUGACAAA G U^ AU- UAAGGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-8-P3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCUUACCAGGCAGCAUUUAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-8-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAUACUGUCUGGUAAUGAUGUU -61
Get sequence
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