| MirGeneDB ID | Ami-Mir-124-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-124-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-124-P1-v1 Ami-Mir-124-P2-v1 Ami-Mir-124-P3-v1 Ami-Mir-124-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P4-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Cel-Mir-124 Cmi-Mir-124-P4 Cpi-Mir-124-P4-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dpu-Mir-124 Dre-Mir-124-P4-v1 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Esc-Mir-124 Gga-Mir-124-P4-v1 Gja-Mir-124-P4-v1 Gmo-Mir-124-P4-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Isc-Mir-124 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P4 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P4-v1 Mal-Mir-124-P4-v1 Mgi-Mir-124 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P4-v1 Npo-Mir-124 Oan-Mir-124-P4-v1 Obi-Mir-124 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P4a Pbv-Mir-124-P4b-v1 Pcr-Mir-124-o4 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spt-Mir-124-P4 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P4-v1 Tca-Mir-124 Tni-Mir-124-P4-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017710560.1: 925379-925436 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P4-v2) |
Mir-124-P4-v1
NW_017710560.1: 925378-925436 [-]
UCSC
Mir-124-P4-v2 NW_017710560.1: 925379-925436 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-124-P4-v2 |
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| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGACCCUCCGGACCGCGGCCUCGGCUCUCCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCACACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGCCGCCCUGCACCGCCCGGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGACCCUCCGGACCGC--| GG CC A GA UAAUG GGCCUC CUCU GUGUUCAC GCG CCUUGAUU \ CCGGGG GAGA CGUAAGUG CGC GGAAUUAA U CGGGGCCCGCCACGUCCCG^ A- AC G AC CACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-124-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-124-P4-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -58
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-124-P4-v1 |
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| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGACCCUCCGGACCGCGGCCUCGGCUCUCCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCACACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGCCGCCCUGCACCGCCCGGGGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGACCCUCCGGACCGC---| GG CC A GA UUAAUG GGCCUC CUCU GUGUUCAC GCG CCUUGAU \ CCGGGG GAGA CGUAAGUG CGC GGAAUUA U ACGGGGCCCGCCACGUCCCG^ A- AC G AC ACACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-124-P4-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-124-P4-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -59
Get sequence
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