| MirGeneDB ID | Xla-Mir-192-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-192-P2b Xla-Mir-192-P4c Xla-Mir-192-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-192-P2 Ami-Mir-192-P2 Bta-Mir-192-P2 Cfa-Mir-192-P2 Cja-Mir-192-P2 Cli-Mir-192-P2 Cmi-Mir-192-P2 Cpi-Mir-192-P2 Cpo-Mir-192-P2 Dno-Mir-192-P2 Eca-Mir-192-P2 Ete-Mir-192-P2 Gga-Mir-192-P2 Gja-Mir-192-P2 Hsa-Mir-192-P2 Laf-Mir-192-P2 Lch-Mir-192-P2 Mdo-Mir-192-P2 Mml-Mir-192-P2 Mmr-Mir-192-P2 Mmu-Mir-192-P2 Mun-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2-as Ocu-Mir-192-P2 Pab-Mir-192-P2 Pbv-Mir-192-P2 Rno-Mir-192-P2 Spt-Mir-192-P2 Sto-Mir-192-P2 Tgu-Mir-192-P2 Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030732.1: 14711201-14711262 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P2a) |
Mir-192-P2a
NC_030732.1: 14711201-14711262 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P2a NC_030732.1: 14712976-14713030 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCCAAUGACCUAACUGGUAAACAGGAGGAUGACCUAUGAAAUGACAGCCACUUCCACACCAAAUAUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGAUUGCCUUGUUGACGGCAUGGAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGCCAAUGACCUAACU-- A GGA A -| C CUUCCAC GGUAA CAGGA UG CCUAU GAAAUGACAG CA \ CCGUU GUCUU AC GGAUG CUUUACUGUC GU A UAUAGGUACGGCAGUUGUU A AUA C U^ U AUAAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-192-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAAUGACAGCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-192-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -62
Get sequence
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