MirGeneDB ID | Ete-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ete-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P2 Ami-Mir-192-P2 Bta-Mir-192-P2 Cfa-Mir-192-P2 Cja-Mir-192-P2 Cli-Mir-192-P2 Cmi-Mir-192-P2 Cpi-Mir-192-P2 Cpo-Mir-192-P2 Dno-Mir-192-P2 Eca-Mir-192-P2 Gga-Mir-192-P2 Gja-Mir-192-P2 Hsa-Mir-192-P2 Laf-Mir-192-P2 Lch-Mir-192-P2 Mdo-Mir-192-P2 Mml-Mir-192-P2 Mmr-Mir-192-P2 Mmu-Mir-192-P2 Mun-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2-as Ocu-Mir-192-P2 Pab-Mir-192-P2 Pbv-Mir-192-P2 Rno-Mir-192-P2 Spt-Mir-192-P2 Sto-Mir-192-P2 Tgu-Mir-192-P2 Xla-Mir-192-P2a Xla-Mir-192-P2b Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980299: 49541581-49541640 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P2) |
Mir-192-P2
JH980299: 49541581-49541640 [-]
UCSC
Mir-194-P2 JH980299: 49541869-49541925 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCAUCAUCAAGAAACAGCGCACAGGAAAAUGACCUAUGAAUUGACAGACAAUAUGGCCAAGCUUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGUAUGUCUCUGCUACUUCAAAAUCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCGCAUCAUCAAGAAACA-- C AAA A -| U AUAUGG GCG ACAGGA UG CCUAU GAA UGACAGACA \ UGU UGUCUU AC GGAUG CUU ACUGUCUGU C GACUAAAACUUCAUCGUCUC A AUA C U^ U UCGAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-192-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGACA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ete-Mir-192-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -60
Get sequence
|