MirGeneDB ID | Ocu-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P2 Ami-Mir-192-P2 Bta-Mir-192-P2 Cfa-Mir-192-P2 Cja-Mir-192-P2 Cli-Mir-192-P2 Cmi-Mir-192-P2 Cpi-Mir-192-P2 Cpo-Mir-192-P2 Dno-Mir-192-P2 Eca-Mir-192-P2 Ete-Mir-192-P2 Gga-Mir-192-P2 Gja-Mir-192-P2 Hsa-Mir-192-P2 Laf-Mir-192-P2 Lch-Mir-192-P2 Mdo-Mir-192-P2 Mml-Mir-192-P2 Mmr-Mir-192-P2 Mmu-Mir-192-P2 Mun-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2-as Pab-Mir-192-P2 Pbv-Mir-192-P2 Rno-Mir-192-P2 Spt-Mir-192-P2 Sto-Mir-192-P2 Tgu-Mir-192-P2 Xla-Mir-192-P2a Xla-Mir-192-P2b Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr16: 52958506-52958565 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P2) |
Mir-194-P2
chr16: 52957890-52957947 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2 chr16: 52958506-52958565 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAACAAAAAGAGAAUUGGUAUAUAGGAAAUUGACCUAUGAAAUGACAGAUGAUAUGGCUAAAUUUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGUAUACCUCUGCUGCUUCAAAAUCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAACAAAAAGAGAAUU-- A A -| GAUAUGG GGUAUAUAGGA AUUG CCUAU GAAAUGACAGAU \ CCAUAUGUCUU UAAC GGAUG CUUUACUGUCUG C GACUAAAACUUCGUCGUCU A C U^ UUUAAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-192-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGACCUAUGAAAUGACAGAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-192-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -60
Get sequence
|