MirGeneDB ID | Laf-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Laf-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P2 Ami-Mir-192-P2 Bta-Mir-192-P2 Cfa-Mir-192-P2 Cja-Mir-192-P2 Cli-Mir-192-P2 Cmi-Mir-192-P2 Cpi-Mir-192-P2 Cpo-Mir-192-P2 Dno-Mir-192-P2 Eca-Mir-192-P2 Ete-Mir-192-P2 Gga-Mir-192-P2 Gja-Mir-192-P2 Hsa-Mir-192-P2 Lch-Mir-192-P2 Mdo-Mir-192-P2 Mml-Mir-192-P2 Mmr-Mir-192-P2 Mmu-Mir-192-P2 Mun-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2-as Ocu-Mir-192-P2 Pab-Mir-192-P2 Pbv-Mir-192-P2 Rno-Mir-192-P2 Spt-Mir-192-P2 Sto-Mir-192-P2 Tgu-Mir-192-P2 Xla-Mir-192-P2a Xla-Mir-192-P2b Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010098.1: 4591092-4591156 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P2) |
Mir-194-P2
GL010098.1: 4590894-4590951 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2 GL010098.1: 4591092-4591156 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGGGCUGCCAAGACCGAGUGCACAGGGCUCUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUGCCCUCGGCUCCCCUCUGGCUGCCAAUUCCAUAGGUCACAGGUAUGUUCGCCUCAAUUCCAGCAGCCAGGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGGGCUGCCAAGACCGA-- C GG C- -| A AGUGCCCUC GUG ACA GCU UGACCUAU GAAUUG CAGCC G CGC UGU UGG ACUGGAUA CUUAAC GUCGG G AGGACCGACGACCUUAACUC U A- AC C^ C UCUCCCCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-192-P2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGACCUAUGAAUUGACAGCC -21
Get sequence
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Star sequence | Laf-Mir-192-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CUGCCAAUUCCAUAGGUCACAG -65
Get sequence
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