MirGeneDB ID | Ami-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-192-P2 Cfa-Mir-192-P2 Cpi-Mir-192-P2 Cpo-Mir-192-P2 Dno-Mir-192-P2 Dre-Mir-192-P2b Ete-Mir-192-P2 Gja-Mir-192-P2 Gmo-Mir-192-P2b Hsa-Mir-192-P2 Loc-Mir-192-P2 Mal-Mir-192-P2b Mml-Mir-192-P2 Mmu-Mir-192-P2 Mun-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2 Ocu-Mir-192-P2 Rno-Mir-192-P2 Sha-Mir-192-P2 Spt-Mir-192-P2 Tni-Mir-192-P2b-v1 Tni-Mir-192-P2b-v2 Xla-Mir-192-P2c Xla-Mir-192-P2d Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714301.1: 23381-23442 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P2) |
Mir-192-P2
NW_017714301.1: 23381-23442 [-]
UCSC
Mir-194-P2 NW_017714301.1: 24491-24548 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGCCCCCCAGAUUGCGUGCAUGGGGCUAUGACCUAUGGAUUGACAGCCAGUAUCGGAGCCUCGCCCUGGCUGUCUGUUCUAUAGGGCAUAGGACUGGGCGCACCCGUGGCGGGGGGCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGCCCCCCAGAUUGC-- AU GG A UU-| UAUCGGA GUGC GG CUAUG CCUAUGGA GACAGCCAG \ CGCG UC GAUAC GGAUAUCU CUGUCGGUC G GGACGGGGGGCGGUGCCCA GG AG G UGU^ CCGCUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Drosha cut is +1 relative to most other vertebrates examined. There is also a second Dicer cut read -3 on the 3p arm but without corresponding 5p reads. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-192-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGACCUAUGGAUUGACAGCCAGU -23
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-192-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGCUGUCUGUUCUAUAGGGCAUA -62
Get sequence
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