MirGeneDB ID | Ami-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2a Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Gmo-Mir-194-P2a Gmo-Mir-194-P2b Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2a Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tni-Mir-194-P2a Tni-Mir-194-P2b Xla-Mir-194-P2c Xla-Mir-194-P2d Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714301.1: 24491-24548 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-192-P2
NW_017714301.1: 23381-23442 [-]
UCSC
Mir-194-P2 NW_017714301.1: 24491-24548 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUGGGGCCUCAGCGCUGGUGUCCAUCCGCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGGAGGGGUCCGUGGUCCCCGUGGGGCUGCUGUUAUUCUGGACGGGCACCGGGAGCGACGGACAGAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUGGGGCCUCAGCGCU--| A CU A U GGGGU GGUGUCC UCCG GUAACAGCA CUCCAUG GGGA \ CCACGGG AGGU UAUUGUCGU GGGGUGC CCCU C GGUAGACAGGCAGCGAGGG^ C CU C - GGUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-194-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGGA -23
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-194-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCCGUGGGGCUGCUGUUAUUCU -58
Get sequence
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