| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-194-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cja-Mir-194-P2 Cli-Mir-194-P2 Cmi-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Eca-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gga-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Laf-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmr-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pab-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Xla-Mir-194-P2a Xla-Mir-194-P2b Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
3: 104322345-104322400 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-192-P2
3: 104322023-104322081 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P2 3: 104322345-104322400 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUCAAGAUCGACCACUGGUGCUCUCAUAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUACACUGACUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUGGUCACUCAAAAACUCCACAGCAGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACUCAAGAUCGACCACU- -| C UAU A G CUACA GGUG CU UCA GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ UCAC GG AGU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU C UCGACGACACCUCAAAAAC U^ U UUU A - UCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-194-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAC -23
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-194-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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