MirGeneDB ID | Gja-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cja-Mir-194-P2 Cli-Mir-194-P2 Cmi-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Eca-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gga-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Laf-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmr-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pab-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tgu-Mir-194-P2 Xla-Mir-194-P2a Xla-Mir-194-P2b Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015252270.1: 164-219 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAGAUGCUGUUCAAACAGUGCUGUCAAGUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACAAGGCAAAUUUCCAGUGGAGGUGCUGUUACUUUUGAAGGCCACUGACCAGACUGGAAUAGAUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACAGAUGCUGUUCAAA- -| G U A G CAAGG CAGU GCU UCAAG GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ GUCA CGG AGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU C AUAGAUAAGGUCAGACCA C^ A U G - UUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-194-P2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAC -23
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-194-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CCAGUGGAGGUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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