| MirGeneDB ID | Xla-Mir-192-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-192-P2a Xla-Mir-192-P2b Xla-Mir-192-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-192-P4 Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 23107083-23107143 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4c) |
Mir-194-P4c
NC_030730.1: 23104037-23104095 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4c NC_030730.1: 23107083-23107143 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUAGAGAGAGGAAGAGAGUGUACGGGCCUAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUGGAUGUACAGUCUGCCUGUCAAUUCUGUAGGCCACAGGUUCGUCCACCUUGUUGCUAUACACAAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUAGAGAGAGGAAGAGA-- U A A -| C GUGGAU GUG ACGGGCCU UG CCUAU GAAUUGACAG CA G CAC UGCUUGGA AC GGAUG CUUAACUGUC GU U AAAAACACAUAUCGUUGUUC C C C U^ C CUGACA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-192-P4c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-192-P4c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCUGUCAAUUCUGUAGGCCACAG -61
Get sequence
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