| MirGeneDB ID | Xla-Mir-194-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-194-P2a Xla-Mir-194-P2b Xla-Mir-194-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P4 Ami-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Sha-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 23104037-23104095 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P4c) |
Mir-194-P4c
NC_030730.1: 23104037-23104095 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4c NC_030730.1: 23107083-23107143 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACCUCAUGGAGACACUGAUGGUCAUCACUUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGUAGAUAUAAUAUUCCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUGUAAUGUGCAUCUUAUUCUUCAAGUGAUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACCUCAUGGAGACACU--| GU C UU A G GUAGA GAUG CAU AC GUAACAGCA CUCCAU UGGAA U CUAC GUA UG UAUUGUCGU GAGGUG GCCUU A UUAUAGUGAACUUCUUAUU^ GU A UC A - AUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-194-P4c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-194-P4c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0046509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUG -59
Get sequence
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