| MirGeneDB ID | Sha-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P4 Ami-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Dre-Mir-194-P4a Dre-Mir-194-P4b Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Gmo-Mir-194-P4a Gmo-Mir-194-P4b Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mal-Mir-194-P4a Mal-Mir-194-P4b Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Tni-Mir-194-P4a Tni-Mir-194-P4b Xla-Mir-194-P4c Xla-Mir-194-P4d Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
AFEY01099922_Mir-192-P1_Mir-194-P1: 2424-2481 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P4) |
Mir-192-P4
AFEY01099922_Mir-192-P1_Mir-194-P1: 2253-2316 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P4 AFEY01099922_Mir-192-P1_Mir-194-P1: 2424-2481 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGGGGAGCCGCCGUGGCGCCCACCCCCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGGACGGCUUCCUUCUUCCAGUGGGGGCGCUGUUACCUUGGGUGGGCAGCCCAGAUCCCGCAGAAAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGGGGAGCCGCCGU- -| CCU AA G ACGGCU GGC GCCCACCC GUAACAGC CUCCAU UGGG \ CCG CGGGUGGG CAUUGUCG GGGGUG ACCU U AAGAAAGACGCCCUAGAC A^ UUC CG - UCUUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-194-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-194-P4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCAGUGGGGGCGCUGUUACCUU -58
Get sequence
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