MirGeneDB ID | Gmo-Mir-194-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-194b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-194-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P4 Ami-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Dre-Mir-194-P4a Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mal-Mir-194-P4a Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Sha-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Tni-Mir-194-P4a Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3610: 119729-119786 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGCAGCUGGAGUGUGGGUCUCACCAGCUGUAACAGCAUCUCCAUAUGGAUGAGUGUCUGGUGUCCAGUGGAGCUGCUGUUAUCUGUGGAGGGACGCCCGCGGUCAUCCACAGCCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGCUGCAGCUGGAGUGU- -| A GCU U A GAGUG GG GUCUC CCA GUAACAGCA CUCCAU UGGAU \ CC CAGGG GGU UAUUGUCGU GAGGUG ACCUG U GCCGACACCUACUGGCGC G^ A GUC C - UGGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-194-P4a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAUCUCCAUAUGGAU -23
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-194-P4a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCAGUGGAGCUGCUGUUAUCUG -58
Get sequence
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