MirGeneDB ID | Pma-Mir-9-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-9a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-9-o2 Pma-Mir-9-o3 Pma-Mir-9-o4 Pma-Mir-9-o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-9-P1 Ami-Mir-9-P1 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P1 Cin-Mir-9 Cmi-Mir-9-P1 Cpi-Mir-9-P1 Cpo-Mir-9-P1 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P1 Dre-Mir-9-P1a Dre-Mir-9-P1b Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P1 Gga-Mir-9-P1 Gja-Mir-9-P1 Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Hme-Mir-9-o1 Hsa-Mir-9-P1 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P1 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P1 Mal-Mir-9-P1a Mal-Mir-9-P1b Mdo-Mir-9-P1 Mml-Mir-9-P1 Mmu-Mir-9-P1 Mun-Mir-9-P1 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P1 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P1 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P1 Sha-Mir-9-P1 Spt-Mir-9-P1 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P1 Tgu-Mir-9-P1 Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P1c Xla-Mir-9-P1d Xtr-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046108.1: 4385189-4385250 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUGUGACCGGGCCAAAGGGACGGCCCCUGUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUCAGAAUCCCGCCAUAAAGCUACUUAACCAAAAGCAGGGAUCCGUUCUGCGCGCAUCGCUCCACGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUGUGACCGGGCCAAA- C-| UC UC G AGUGUCA GGGACGG CCCUG UUUGGUUA UAGCU UAUG G UCUUGCC GGGAC AAACCAAU AUCGA AUAC A GGCACCUCGCUACGCGCG UA^ GA UC A CGCCCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-9-o1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-9-o1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAAGCUACUUAACCAAAAGCA -62
Get sequence
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