| MirGeneDB ID | Mal-Mir-9-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-9-P1a Mal-Mir-9-P2b Mal-Mir-9-P3a Mal-Mir-9-P3b Mal-Mir-9-P4a Mal-Mir-9-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P1 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P1 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P1 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P1 Cmi-Mir-9-P1 Cpi-Mir-9-P1 Cpo-Mir-9-P1 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P1 Dre-Mir-9-P1b Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P1 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P1 Gga-Mir-9-P1 Gja-Mir-9-P1 Gmo-Mir-9-P1b Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P1 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P1 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P1 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P1 Mdo-Mir-9-P1 Mml-Mir-9-P1 Mmr-Mir-9-P1 Mmu-Mir-9-P1 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P1 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P1 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P1 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P1 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o1 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P1 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P1 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P1 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P1 Tgu-Mir-9-P1 Tni-Mir-9-P1b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xtr-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884692.1: 7597742-7597803 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUGUAGCAAACAGCAGAGCCUGUUCCUUUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUUAAUCAUCCAUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAGGAAUGACCUCCAAAUCCUCAACAUCGUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUGUAGCAAACAGCA--| CC UUC G GUGUUA GAG UGUUCCU UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA A CUC GUAAGGA AAGCCAAUAGAUCGA AUACU U ACUGCUACAACUCCUAAAC^ CA UGA A ACCUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-9-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-9-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
|
