| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-9-P2 Ocu-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P1 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P1 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P1 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P1 Cmi-Mir-9-P1 Cpi-Mir-9-P1 Cpo-Mir-9-P1 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P1 Dre-Mir-9-P1a Dre-Mir-9-P1b Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P1 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P1 Gga-Mir-9-P1 Gja-Mir-9-P1 Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P1 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P1 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P1 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P1 Mal-Mir-9-P1a Mal-Mir-9-P1b Mdo-Mir-9-P1 Mml-Mir-9-P1 Mmr-Mir-9-P1 Mmu-Mir-9-P1 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P1 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P1 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P1 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P1 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o1 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P1 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P1 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P1 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P1 Tgu-Mir-9-P1 Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P1c Xla-Mir-9-P1d Xtr-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
1937863118: 362-423 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCGGCGGGGCGAAGGGAGGCCCGUUUCUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGCCGCAGAGCCGUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAGAAAUGAGUCUCAAACUUCUGCGUGCGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCGGCGGGGCGAAGGG-- C -| C G GUGCCG AGGC CGUUUCU CU UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA C UCUG GUAAAGA GA AAGCCAAUAGAUCGA AUACU A CCAGCGUGCGUCUUCAAAC A U^ - A GCCGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-9-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-9-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
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