| MirGeneDB ID | Pab-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-214-v1 Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Dre-Mir-214-P1-v1 Eca-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Gja-Mir-214-v1 Gmo-Mir-214-P1 Gmo-Mir-214-P2-v1 Hsa-Mir-214-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v1 Mal-Mir-214-P1-v1 Mal-Mir-214-P2-v1 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmr-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Ocu-Mir-214-v1 Pbv-Mir-214-v1 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Tni-Mir-214-P1-v1 Tni-Mir-214-P2-v1 Xla-Mir-214-P3-v1 Xla-Mir-214-P4-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054679.2: 77930895-77930957 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214) |
Mir-199-P1-v1
CM054679.2: 77925142-77925202 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 CM054679.2: 77925142-77925202 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 CM054679.2: 77925142-77925202 [+] UCSC Ensembl Mir-214 CM054679.2: 77930895-77930957 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCGCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGGCUGGACAGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-214_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-214_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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