MirGeneDB ID | Aca-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Gja-Mir-214-v1 Hsa-Mir-214-v1 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v1 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Ocu-Mir-214-v1 Pbv-Mir-214-v1 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
AAWZ02037129: 14630-14692 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v1) |
Mir-199-P1-v1
AAWZ02037129: 4079-4139 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 AAWZ02037129: 4079-4139 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 AAWZ02037129: 4079-4139 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 AAWZ02037129: 14630-14692 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 AAWZ02037129: 14630-14692 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAAUACAGCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGGCUGGCUGGACAGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCGACAUAAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-214-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-214-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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