| MirGeneDB ID | Gja-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-214-v1 Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Eca-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Hsa-Mir-214-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v1 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmr-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Ocu-Mir-214-v1 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v1 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015163693.1: 17069-17131 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v1) |
Mir-214-v1
NW_015163693.1: 17069-17131 [-]
Mir-214-v2 NW_015163693.1: 17069-17131 [-] Mir-199-P1-v1 NW_015163693.1: 22185-22245 [-] Mir-199-P1-v2 NW_015163693.1: 22185-22245 [-] Mir-199-P1-v3 NW_015163693.1: 22185-22245 [-] |
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| Variant | Gja-Mir-214-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGCUGGCUGGACAGAGUUGUCACGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAGAGACCACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGGCUGGCUGGACAGA--| C U ACA AGAACAUC GUUGUCA GUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGU CAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCACCAGAGAGUCCGACC^ A U CAC UCCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-214-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-214-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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| Variant | Gja-Mir-214-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGCUGGCUGGACAGAGUUGUCACGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAGAGACCACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGGCUGGCUGGACAGA--| C U ACA GAACAUC GUUGUCA GUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGU CAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCACCAGAGAGUCCGACC^ A U CAC CCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-214-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-214-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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