| MirGeneDB ID | Loc-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-214-v1 Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Eca-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Gja-Mir-214-v1 Hsa-Mir-214-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmr-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Ocu-Mir-214-v1 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v1 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG10: 26287907-26287968 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v1) |
Mir-214-v1
LG10: 26287907-26287968 [-]
Ensembl
Mir-214-v2 LG10: 26287907-26287968 [-] Ensembl Mir-199-P1-v1 LG10: 26292830-26292890 [-] Ensembl Mir-199-P1-v2 LG10: 26292830-26292890 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-214-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCAUUGGCUGAGGGAGUUGUCGUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACUUCCUGCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGACGGCAGCCCACCGGACAGACAGACAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCAUUGGCUGAGGGA--| G ACA AGAACUU GUUGUCGU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGC C CGACGGCA ACAGACGGACAGA GGACGACAUG C UACAGACAGACAGGCCACC^ G CAC UCCACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-214-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-214-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -62
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-214-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCAUUGGCUGAGGGAGUUGUCGUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACUUCCUGCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGACGGCAGCCCACCGGACAGACAGACAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCAUUGGCUGAGGGA--| G ACA GAACUU GUUGUCGU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA C CGACGGCA ACAGACGGACAGA GGACGACAUGU C UACAGACAGACAGGCCACC^ G CAC CCACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-214-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-214-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -62
Get sequence
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