| MirGeneDB ID | Loc-Mir-199-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-199-P2-v1 Loc-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P1-v1 Cli-Mir-199-P1-v1 Cmi-Mir-199-P1-v1 Cpi-Mir-199-P1-v1 Cpo-Mir-199-P1-v1 Dno-Mir-199-P1-v1 Dre-Mir-199-P1a-v1 Eca-Mir-199-P1-v1 Ete-Mir-199-P1-v1 Gga-Mir-199-P1-v1 Gja-Mir-199-P1-v1 Gmo-Mir-199-P1a-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Hsa-Mir-199-P1-v1 Laf-Mir-199-P1-v1 Lch-Mir-199-P1 Mal-Mir-199-P1a-v1 Mal-Mir-199-P1b-as Mal-Mir-199-P1b-v1 Mdo-Mir-199-P1-v1 Mml-Mir-199-P1-v1 Mmr-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P1-v1 Neu-Mir-199-P1-v1 Oan-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P1-v1 Pab-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P1-v1 Pma-Mir-199-o1 Rno-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P1-v1 Spt-Mir-199-P1 Sto-Mir-199-P1-v1 Tgu-Mir-199-P1-v1 Tni-Mir-199-P1b-v1 Xla-Mir-199-P1c-v1 Xla-Mir-199-P1d-v1 Xtr-Mir-199-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG10: 26292830-26292890 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P1-v1) |
Mir-214-v1
LG10: 26287907-26287968 [-]
Ensembl
Mir-214-v2 LG10: 26287907-26287968 [-] Ensembl Mir-199-P1-v1 LG10: 26292830-26292890 [-] Ensembl Mir-199-P1-v2 LG10: 26292830-26292890 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-199-P1-v1 |
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| Seed | CCAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGGAAGAGGAGGGUCCUGCUCCGUCGUCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAUGAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGUGCAAGGAAGAGCUCCAAGGACGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAGGAAGAGGAGGGU- -| UCC GUC U C U AGGAUG CC UGC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GG ACG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA G U AUGCAGGAACCUCGAGAA A^ UGU AUU C - U UGGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-199-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Loc-Mir-199-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-199-P1-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGGAAGAGGAGGGUCCUGCUCCGUCGUCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAUGAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGUGCAAGGAAGAGCUCCAAGGACGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAGGAAGAGGAGGGU- -| UCC GUC U C U GGAUG CC UGC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GG ACG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U AUGCAGGAACCUCGAGAA A^ UGU AUU C - U GGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-199-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-199-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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