| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-199-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-199-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P1-v1 Cli-Mir-199-P1-v1 Cmi-Mir-199-P1-v1 Cpo-Mir-199-P1-v1 Dno-Mir-199-P1-v1 Dre-Mir-199-P1a-v1 Eca-Mir-199-P1-v1 Ete-Mir-199-P1-v1 Gga-Mir-199-P1-v1 Gja-Mir-199-P1-v1 Gmo-Mir-199-P1a-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Hsa-Mir-199-P1-v1 Laf-Mir-199-P1-v1 Lch-Mir-199-P1 Loc-Mir-199-P1-v1 Mal-Mir-199-P1a-v1 Mal-Mir-199-P1b-as Mal-Mir-199-P1b-v1 Mdo-Mir-199-P1-v1 Mml-Mir-199-P1-v1 Mmr-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P1-v1 Neu-Mir-199-P1-v1 Oan-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P1-v1 Pab-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P1-v1 Pma-Mir-199-o1 Rno-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P1-v1 Spt-Mir-199-P1 Sto-Mir-199-P1-v1 Tgu-Mir-199-P1-v1 Tni-Mir-199-P1b-v1 Xla-Mir-199-P1c-v1 Xla-Mir-199-P1d-v1 Xtr-Mir-199-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P1-v1) |
Mir-214-v1
JH585174: 220443-220505 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-214-v2 JH585174: 220443-220505 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v1 JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v2 JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cpi-Mir-199-P1-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAAGCGUCUGGAGAUCCUGCUCCGUCGCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUGCUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCAAGGGAAAGCAACGACAUGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAAGCGUCUGGAGAU- -| C GCC U C U AGGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GG ACGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA G U CAGGUACAGCAACGAAAG A^ U AUU C - U UUGUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-199-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Cpi-Mir-199-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037819 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Variant | Cpi-Mir-199-P1-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAAGCGUCUGGAGAUCCUGCUCCGUCGCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUGCUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCAAGGGAAAGCAACGACAUGGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAAGCGUCUGGAGAU- -| C GCC U C U GGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GG ACGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U CAGGUACAGCAACGAAAG A^ U AUU C - U UGUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-199-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-199-P1-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037819 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Variant | Cpi-Mir-199-P1-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAAGCGUCUGGAGAUCCUGCUCCGUCGCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUGCUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCAAGGGAAAGCAACGACAUGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAAGCGUCUGGAGAU- -| C GCC U C UCAGGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU A GG ACGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA U CAGGUACAGCAACGAAAG A^ U AUU C - UGUUGUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-199-P1-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-199-P1-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037819 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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