| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-199-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-199a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P1-v1 Cli-Mir-199-P1-v1 Cmi-Mir-199-P1-v1 Cpi-Mir-199-P1-v1 Cpo-Mir-199-P1-v1 Dno-Mir-199-P1-v1 Dre-Mir-199-P1a-v1 Eca-Mir-199-P1-v1 Ete-Mir-199-P1-v1 Gga-Mir-199-P1-v1 Gja-Mir-199-P1-v1 Gmo-Mir-199-P1a-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Hsa-Mir-199-P1-v1 Laf-Mir-199-P1-v1 Lch-Mir-199-P1 Loc-Mir-199-P1-v1 Mal-Mir-199-P1a-v1 Mal-Mir-199-P1b-as Mal-Mir-199-P1b-v1 Mdo-Mir-199-P1-v1 Mml-Mir-199-P1-v1 Mmr-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P1-v1 Neu-Mir-199-P1-v1 Oan-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P1-v1 Pab-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P1-v1 Pma-Mir-199-o1 Rno-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P1-v1 Spt-Mir-199-P1 Sto-Mir-199-P1-v1 Tgu-Mir-199-P1-v1 Tni-Mir-199-P1b-v1 Xla-Mir-199-P1c-v1 Xla-Mir-199-P1d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 97341514-97341574 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P1-v1) |
Mir-199-P1-v1
chr4: 97341514-97341574 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 chr4: 97341514-97341574 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 chr4: 97341514-97341574 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 chr4: 97346627-97346689 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 chr4: 97346627-97346689 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-199-P1-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGUUUCGGAAAGAACCUGCUCCGUCGCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUGCUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCAUGGGACAGCAACGACAUGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUGUUUCGGAAAGAA- -| C GCC U C U AGGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GG ACGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA G U UAGGUACAGCAACGACAG U^ U AUU C - U UUGUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-199-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-199a-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-199-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-199a-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-199-P1-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGUUUCGGAAAGAACCUGCUCCGUCGCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUGCUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCAUGGGACAGCAACGACAUGGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUGUUUCGGAAAGAA- -| C GCC U C U GGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GG ACGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U UAGGUACAGCAACGACAG U^ U AUU C - U UGUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-199-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-199a-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-199-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-199a-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-199-P1-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGUUUCGGAAAGAACCUGCUCCGUCGCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUGCUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCAUGGGACAGCAACGACAUGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUGUUUCGGAAAGAA- -| C GCC U C UCAGGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU A GG ACGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA U UAGGUACAGCAACGACAG U^ U AUU C - UGUUGUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-199-P1-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-199a-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-199-P1-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-199a-3p |
