| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-199-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-199-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P1-v1 Cli-Mir-199-P1-v1 Cpi-Mir-199-P1-v1 Cpo-Mir-199-P1-v1 Dno-Mir-199-P1-v1 Dre-Mir-199-P1a-v1 Eca-Mir-199-P1-v1 Ete-Mir-199-P1-v1 Gga-Mir-199-P1-v1 Gja-Mir-199-P1-v1 Gmo-Mir-199-P1a-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Hsa-Mir-199-P1-v1 Laf-Mir-199-P1-v1 Lch-Mir-199-P1 Loc-Mir-199-P1-v1 Mal-Mir-199-P1a-v1 Mal-Mir-199-P1b-as Mal-Mir-199-P1b-v1 Mdo-Mir-199-P1-v1 Mml-Mir-199-P1-v1 Mmr-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P1-v1 Neu-Mir-199-P1-v1 Oan-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P1-v1 Pab-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P1-v1 Pma-Mir-199-o1 Rno-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P1-v1 Spt-Mir-199-P1 Sto-Mir-199-P1-v1 Tgu-Mir-199-P1-v1 Tni-Mir-199-P1b-v1 Xla-Mir-199-P1c-v1 Xla-Mir-199-P1d-v1 Xtr-Mir-199-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635895.1: 3660506-3660566 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P1-v1) |
Mir-199-P1-v1
KI635895.1: 3660506-3660566 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 KI635895.1: 3660506-3660566 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 KI635895.1: 3660506-3660566 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 KI635895.1: 3665469-3665531 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 KI635895.1: 3665469-3665531 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cmi-Mir-199-P1-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACAAGUCAAAAGGUCCUGCUCCGUCGGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUAUUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGAUUGGGCAUGGGAAAGCAGCAACUGUGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGACAAGUCAAAAGGU- -| C GGC U C U AGGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GG ACGGG UAG GGUUACA GUCUGAUG ACA G U CAGUGUCAACGACGAAAG U^ U AUU C - U UUGUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-199-P1-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-199-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cmi-Mir-199-P1-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACAAGUCAAAAGGUCCUGCUCCGUCGGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUAUUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGAUUGGGCAUGGGAAAGCAGCAACUGUGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGACAAGUCAAAAGGU- -| C GGC U C U GGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GG ACGGG UAG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U CAGUGUCAACGACGAAAG U^ U AUU C - U UGUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-199-P1-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-199-P1-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cmi-Mir-199-P1-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACAAGUCAAAAGGUCCUGCUCCGUCGGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACAAUAUUGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGAUUGGGCAUGGGAAAGCAGCAACUGUGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGACAAGUCAAAAGGU- -| C GGC U C UCAGGACA CC UGCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU A GG ACGGG UAG GGUUACA GUCUGAUG ACA U CAGUGUCAACGACGAAAG U^ U AUU C - UGUUGUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-199-P1-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-199-P1-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
