| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635895.1: 3665469-3665531 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-199-P1-v1
KI635895.1: 3660506-3660566 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 KI635895.1: 3660506-3660566 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 KI635895.1: 3660506-3660566 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 KI635895.1: 3665469-3665531 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 KI635895.1: 3665469-3665531 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cmi-Mir-214-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAAUGGCUGGAUGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAAAAUCCACUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCGCAUGACAACCCAGCCUGACUGACAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCAAUGGCUGGAUGGA--| U ACA GAAAAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACGC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCGACAGUCAGUCCGACC^ U CAC CCACUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-214-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-214-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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| Variant | Cmi-Mir-214-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAAUGGCUGGAUGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAAAAUCCACUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCGCAUGACAACCCAGCCUGACUGACAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCAAUGGCUGGAUGGA--| U ACA AGAAAAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACGC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCGACAGUCAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-214-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-214-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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