| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-214-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-214-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-214-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Dre-Mir-214-P1-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mal-Mir-214-P1-v1 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 Tni-Mir-214-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3026: 83514-83574 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-P1) |
Mir-199-P1a-v1
GeneScaffold_3026: 81081-81141 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1a-v2 GeneScaffold_3026: 81081-81141 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1a-v3 GeneScaffold_3026: 81081-81141 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P1 GeneScaffold_3026: 83514-83574 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GCCUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUGAAGACUAUCAGUGUUGUGGUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGACAUUCUGCUCCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGAUGGCAGCCCCGCAGGCAGACGGGUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUGAAGACUAUCAGU--| G G ACA AGACAUU GUUGU GU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CGACG UA ACAGACGGACAGA GGACGACAUG C UCUGGGCAGACGGACGCCC^ G G CAC UCCUCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-214-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-214-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -61
Get sequence
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