| MirGeneDB ID | Dre-Mir-214-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Gmo-Mir-214-P1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mal-Mir-214-P1-v1 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 Tni-Mir-214-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr20: 14877660-14877721 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-P1-v1) |
Mir-199-P1a-v1
chr20: 14875474-14875534 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1a-v2 chr20: 14875474-14875534 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1a-v3 chr20: 14875474-14875534 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P1-v1 chr20: 14877660-14877721 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P1-v2 chr20: 14877660-14877721 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-214-P1-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGCCAUUGACUGAGAGCGUUGUCUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACUUCCUGCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGAUGGCAGCCCGCCUGACAGGCCACACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGCCAUUGACUGAGA- -| UG ACA AGAACUU GC GU UCUGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGC C CG CG AGACAGACGGACAGA GGACGACAUG C ACACACCGGACAGUCCGCC A^ GU CAC UCCACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-214-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-214-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-214 |
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| Variant | Dre-Mir-214-P1-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGCCAUUGACUGAGAGCGUUGUCUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACUUCCUGCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGAUGGCAGCCCGCCUGACAGGCCACACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGCCAUUGACUGAGA- -| UG ACA GAACUU GC GU UCUGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA C CG CG AGACAGACGGACAGA GGACGACAUGU C ACACACCGGACAGUCCGCC A^ GU CAC CCACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-214-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-214-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-214 |
