| MirGeneDB ID | Dre-Mir-199-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-199-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-199-P1a-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Dre-Mir-199-P2b-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P1-v1 Cli-Mir-199-P1-v1 Cmi-Mir-199-P1-v1 Cpi-Mir-199-P1-v1 Cpo-Mir-199-P1-v1 Dno-Mir-199-P1-v1 Eca-Mir-199-P1-v1 Ete-Mir-199-P1-v1 Gga-Mir-199-P1-v1 Gja-Mir-199-P1-v1 Gmo-Mir-199-P1a-v1 Hsa-Mir-199-P1-v1 Laf-Mir-199-P1-v1 Lch-Mir-199-P1 Loc-Mir-199-P1-v1 Mal-Mir-199-P1a-v1 Mdo-Mir-199-P1-v1 Mml-Mir-199-P1-v1 Mmr-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P1-v1 Neu-Mir-199-P1-v1 Oan-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P1-v1 Pab-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P1-v1 Pma-Mir-199-o1 Rno-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P1-v1 Spt-Mir-199-P1 Sto-Mir-199-P1-v1 Tgu-Mir-199-P1-v1 Xtr-Mir-199-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr20: 14875474-14875534 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P1a-v2) |
Mir-199-P1a-v1
chr20: 14875474-14875534 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1a-v2 chr20: 14875474-14875534 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1a-v3 chr20: 14875474-14875534 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P1-v1 chr20: 14877660-14877721 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P1-v2 chr20: 14877660-14877721 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-199-P1a-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGGCUGGAACUAUCUCCUGCUCCGUCAUCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAUCAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGUGCAUGGACUCCCGGCGAUGAGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGGCUGGAACUAUCU- -| UCC AUC U C U GGAUC CC UGC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GG ACG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U AAGGAGUAGCGGCCCUCA U^ UGU AUU C - U GGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-199-P1a-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-199 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-199-P1a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-199-P1a-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGGCUGGAACUAUCUCCUGCUCCGUCAUCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAUCAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGUGCAUGGACUCCCGGCGAUGAGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGGCUGGAACUAUCU- -| UCC AUC U C U AGGAUC CC UGC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GG ACG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA G U AAGGAGUAGCGGCCCUCA U^ UGU AUU C - U UGGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-199-P1a-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-199 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-199-P1a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-199-P1a-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGGCUGGAACUAUCUCCUGCUCCGUCAUCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAUCAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGUGCAUGGACUCCCGGCGAUGAGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGGCUGGAACUAUCU- -| UCC AUC U C UCAGGAUC CC UGC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU A GG ACG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA U AAGGAGUAGCGGCCCUCA U^ UGU AUU C - UGUGGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-199-P1a-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-199 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-199-P1a-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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