| MirGeneDB ID | Dre-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-199-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-199-P1a-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Dre-Mir-199-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr3: 47195159-47195219 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v1) |
Mir-199-P3-v1
chr3: 47195159-47195219 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P3-v2 chr3: 47195159-47195219 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P3-v3 chr3: 47195159-47195219 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAGCCACCUCUUGCCUCCCCCUCGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUCAUGCUGCAGCUGAACAGUAGUCCGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGACACACACACCCGCCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAGCCACCUCUUGCCU --| C C UCA C AUCAUG CCC CCU GCCUG CCAGUGU GACUAC UGUUC C GGG GGG CGGAU GGUUACA CUGAUG ACAAG U GAACCGCCCACACACACA UC^ U U CGC - UCGACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-199 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0031922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCCGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Variant | Dre-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAGCCACCUCUUGCCUCCCCCUCGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUCAUGCUGCAGCUGAACAGUAGUCCGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGACACACACACCCGCCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAGCCACCUCUUGCCU --| C C UCA C UCAUG CCC CCU GCCUG CCAGUGU GACUAC UGUUCA C GGG GGG CGGAU GGUUACA CUGAUG ACAAGU U GAACCGCCCACACACACA UC^ U U CGC - CGACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-199 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-199-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0031922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACAGUAGUCCGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAGCCACCUCUUGCCUCCCCCUCGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUCAUGCUGCAGCUGAACAGUAGUCCGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGACACACACACCCGCCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAGCCACCUCUUGCCU --| C C UCA C CAUCAUG CCC CCU GCCUG CCAGUGU GACUAC UGUU C GGG GGG CGGAU GGUUACA CUGAUG ACAA U GAACCGCCCACACACACA UC^ U U CGC - GUCGACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-199 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0031922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCCGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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