| MirGeneDB ID | Sha-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sha-mir-199a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL841403.1: 248965-249027 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v1) |
Mir-199-P3-v1
GL841403.1: 248965-249027 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P3-v2 GL841403.1: 248965-249027 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P3-v3 GL841403.1: 248965-249027 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAUCUUCUCAAAUUCCAGCCCCACCAGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUCCAGGAAAUUGCAAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGAAAAGCAUCGACUCAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAAUCUUCUCAAAUU- -| CA AGC U C C AGGAAAU CC AGCCC CC CCAGUGU CAGACUAC UGU C U GG UCGGG GG GGUUACA GUCUGAUG ACA G G AGGACUCAGCUACGAAAA U^ UC AUU C - U UGUAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Variant | Sha-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAUCUUCUCAAAUUCCAGCCCCACCAGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUCCAGGAAAUUGCAAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGAAAAGCAUCGACUCAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAAUCUUCUCAAAUU- -| CA AGC U C C GGAAAU CC AGCCC CC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U GG UCGGG GG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU G AGGACUCAGCUACGAAAA U^ UC AUU C - U GUAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUCCA -24
Get sequence
|
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| Mature sequence | Sha-Mir-199-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAUCUUCUCAAAUUCCAGCCCCACCAGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUCCAGGAAAUUGCAAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGAAAAGCAUCGACUCAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAAUCUUCUCAAAUU- -| CA AGC U C CCAGGAAAU CC AGCCC CC CCAGUGU CAGACUAC UGU U GG UCGGG GG GGUUACA GUCUGAUG ACA G AGGACUCAGCUACGAAAA U^ UC AUU C - UGUGUAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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