| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-199a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0216: 201980-202042 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v1) |
Mir-199-P3-v1
chrUn0216: 201980-202042 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P3-v2 chrUn0216: 201980-202042 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P3-v3 chrUn0216: 201980-202042 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGGGCCCCGAGACAGCCGGCCCCGCCCGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGACUCCAGAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCCCGGGCCAGCGGCACGACGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGGGCCCCGAGACAG- -| C CGC U C U AGGGGAC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU C U GG CCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA G C CAGGCAGCACGGCGACCG C^ U AUU C - U UGUAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Ocu-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Variant | Ocu-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGGGCCCCGAGACAGCCGGCCCCGCCCGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGACUCCAGAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCCCGGGCCAGCGGCACGACGGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGGGCCCCGAGACAG- -| C CGC U C U GGGGAC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U GG CCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU C CAGGCAGCACGGCGACCG C^ U AUU C - U GUAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-199-P3-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Variant | Ocu-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGGGCCCCGAGACAGCCGGCCCCGCCCGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGACUCCAGAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCCCGGGCCAGCGGCACGACGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGGGCCCCGAGACAG- -| C CGC U C UCAGGGGAC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU U GG CCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA C CAGGCAGCACGGCGACCG C^ U AUU C - UGUGUAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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