| MirGeneDB ID | Cja-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021936.1: 9634758-9634820 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v1) |
Mir-199-P3-v1
CM021936.1: 9634758-9634820 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P3-v2 CM021936.1: 9634758-9634820 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P3-v3 CM021936.1: 9634758-9634820 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cja-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CCAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCGGGAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAGGCCGUCAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGGCAAGCGGCGCGUCGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCGGGAUGGACAG- -| C AAC U C U AGGAGGC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU C C GG UCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA G G AGAGCUGCGCGGCGAACG U^ U AUU C - U UGUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-199-P3-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Variant | Cja-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | CCAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCGGGAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAGGCCGUCAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGGCAAGCGGCGCGUCGAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCGGGAUGGACAG- -| C AAC U C U GGAGGC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA C GG UCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU G AGAGCUGCGCGGCGAACG U^ U AUU C - U GUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-199-P3-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-199-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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| Variant | Cja-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | CCAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCGGGAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAGGCCGUCAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGGCAAGCGGCGCGUCGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCGGGAUGGACAG- -| C AAC U C UCAGGAGGC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU C GG UCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA G AGAGCUGCGCGGCGAACG U^ U AUU C - UGUGUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-199-P3-v3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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