| MirGeneDB ID | Oan-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-216b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2a Aga-Mir-216-P2 Ami-Mir-216-P2a Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2a Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2a Cja-Mir-216-P2a Cli-Mir-216-P2a Cmi-Mir-216-P2a Cpi-Mir-216-P2a Cpo-Mir-216-P2a Csc-Mir-216-P2 Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2a Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2a Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2a2 Eca-Mir-216-P2a Ete-Mir-216-P2a Gga-Mir-216-P2a Gja-Mir-216-P2a Gmo-Mir-216-P2a Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2a Isc-Mir-216-P2 Laf-Mir-216-P2a Lch-Mir-216-P2a Loc-Mir-216-P2a Mal-Mir-216-P2a Mdo-Mir-216-P2a Mml-Mir-216-P2a Mmr-Mir-216-P2a Mmu-Mir-216-P2a Neu-Mir-216-P2a Ocu-Mir-216-P2a Pab-Mir-216-P2a Pbv-Mir-216-P2a Pca-Mir-216-P2 Pma-Mir-216-P2a1 Pma-Mir-216-P2a2 Rno-Mir-216-P2a Sha-Mir-216-P2a Spt-Mir-216-P2a Sto-Mir-216-P2a Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2a Tni-Mir-216-P2a Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041736.1: 56800547-56800608 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2a) |
Mir-216-P2a
NC_041736.1: 56800547-56800608 [+]
Mir-216-P2b NC_041736.1: 56809006-56809067 [+] Mir-217-v2 NC_041736.1: 56814320-56814380 [+] Mir-217-v1 NC_041736.1: 56814321-56814379 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCAAUCUGGAUGAAAAUCGCAGACUGGGAAAUCUCUGCUGGCAAAUGUGGUGUCACGGUAGCAAUCGCACAAUUACCUGUAGAGAUUCUGCAAUCUGGCUUUGUCAGGCAACAAAAUGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCAAUCUGGAUGAAAAUCG-- C -| A U C A GUGUCACG CAGA UG GGAA UCUCUGC GG AA UGUG G GUCU AC UCUU AGAGAUG CC UU ACAC U CGGUAAAACAACGGACUGUUUCG A G^ - U A A GCUAACGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 relatve to what is annotated here and this second cut is monouridylated at the 3' end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-216-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0029020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUCUCUGCUGGCAAAUGUGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-216-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0029021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAAUUACCUGUAGAGAUUCUG -62
Get sequence
|
