| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-216b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2a Ami-Mir-216-P2a Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2a Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2a Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2a Cmi-Mir-216-P2a Cpi-Mir-216-P2a Cpo-Mir-216-P2a Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2a Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2a Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2a2 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2a Gga-Mir-216-P2a Gja-Mir-216-P2a Gmo-Mir-216-P2a Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2a Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2a Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2a Mal-Mir-216-P2a Mdo-Mir-216-P2a Mml-Mir-216-P2a Mmu-Mir-216-P2a Oan-Mir-216-P2a Ocu-Mir-216-P2a Pma-Mir-216-P2a1 Pma-Mir-216-P2a2 Rno-Mir-216-P2a Sha-Mir-216-P2a Spt-Mir-216-P2a Sto-Mir-216-P2a Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2a Tni-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953947.1: 188163-188223 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2a) |
Mir-216-P2a
KE953947.1: 188163-188223 [+]
Mir-216-P2b KE953947.1: 195087-195148 [+] Mir-217-v2 KE953947.1: 202071-202131 [+] Mir-217-v1 KE953947.1: 202072-202130 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAUAAUUAGGUCCCAGUCACAGAUUGAGAAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGAUGUCAUGAUUGCAAUCUCACAGUUACCAGUAGAGGUUCUGCAAUCUGGAGGGCUACAACACUGGUUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAUAAUUAGGUCCCAG--| A - A A C A UGUCAUG UC CAGAUUG AGAA UCUCUGC GG AA UGUGA A AG GUCUAAC UCUU GGAGAUG CC UU ACACU U UCGUUGGUCACAACAUCGGG^ - G - A A G CUAACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pbv-Mir-216-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0039024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pbv-Mir-216-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0039025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAGUUACCAGUAGAGGUUCU -61
Get sequence
|
