| MirGeneDB ID | Oan-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-217-v1 Ami-Mir-217-v1 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v1 Cfa-Mir-217-v1 Cja-Mir-217-v1 Cli-Mir-217-v1 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v1 Cpo-Mir-217-v1 Dno-Mir-217-v1 Dre-Mir-217-v1 Eca-Mir-217-v1 Ete-Mir-217-v1 Gga-Mir-217-v1 Gja-Mir-217-v1 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v1 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v1 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v1 Mun-Mir-217-v1 Neu-Mir-217-v1 Ocu-Mir-217-v1 Pab-Mir-217-v1 Pbv-Mir-217-v1 Rno-Mir-217-v1 Sha-Mir-217-v1 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v1 Tgu-Mir-217-v1 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041736.1: 56814321-56814379 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v1) |
Mir-216-P2a
NC_041736.1: 56800547-56800608 [+]
Mir-216-P2b NC_041736.1: 56809006-56809067 [+] Mir-217-v2 NC_041736.1: 56814320-56814380 [+] Mir-217-v1 NC_041736.1: 56814321-56814379 [+] |
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| Variant | Oan-Mir-217-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAACCCAGCCGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAUAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCUUCCAUGAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAACCCAGCCGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U UAAAAGUACCUUCGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-217-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-217-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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| Variant | Oan-Mir-217-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAAACCCAGCCGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAUAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCUUCCAUGAAAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAAACCCAGCCGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CUAAAAGUACCUUCGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-217-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0007222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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