| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-217-v1 Ami-Mir-217-v1 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v1 Cja-Mir-217-v1 Cli-Mir-217-v1 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v1 Cpo-Mir-217-v1 Dno-Mir-217-v1 Dre-Mir-217-v1 Eca-Mir-217-v1 Ete-Mir-217-v1 Gga-Mir-217-v1 Gja-Mir-217-v1 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v1 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v1 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v1 Mun-Mir-217-v1 Neu-Mir-217-v1 Oan-Mir-217-v1 Ocu-Mir-217-v1 Pab-Mir-217-v1 Pbv-Mir-217-v1 Rno-Mir-217-v1 Sha-Mir-217-v1 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v1 Tgu-Mir-217-v1 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr10: 56754576-56754634 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v1) |
Mir-217-v2
chr10: 56754575-56754635 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 chr10: 56754576-56754634 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr10: 56761455-56761516 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a chr10: 56772853-56772914 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-217-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAUUACUACGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAGAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCCUCAGUGAACACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAAUUACUACGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAGA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CACAAGUGACUCCGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-217-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-217 miRDB: MIMAT0009850 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-217-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-217-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAAUUACUACGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAGAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCCUCAGUGAACACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAAUUACUACGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAGA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CCACAAGUGACUCCGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-217 miRDB: MIMAT0009850 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-217-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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