| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-130c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Gga-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1a Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1a Tni-Mir-130-P1a2 Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 511102163-511102221 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1a) |
Mir-130-P4a
3: 511101361-511101418 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P1a 3: 511102163-511102221 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGGGCCCGACACGCUCCUGGUGGCCAGGGCCCUUUUCUUGUUGCCCUGCUGAGCCAGCGAGGGGGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCGCCAGGACAGGCCGCCGGGAACCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGGGCCCGACACGCU--| G CU C GAGCCA CCUGGUGGCCAG GCCCUUUU UGUUGC CUGCU \ GGACCGCCGGUU CGGGAAAA GUAACG GACGG G GACCAAGGGCCGCCGGACA^ A UU U GGGAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-130-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUCUUGUUGCCCUGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-130c-2-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-130-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-130c-3p |
