| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Gga-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1a Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mdo-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tni-Mir-130-P1a2 Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
15: 6177590-6177648 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1a) |
Mir-130-P4a
15: 6168615-6168675 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a 15: 6169809-6169872 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a 15: 6176337-6176399 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a 15: 6177590-6177648 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAGUCUCUGAAGUAUGCUGUUGUCCAGAGCCCUUUUUCUGUUGUACUACUGGCAAUUAUGAUGAGCAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAUUGGCUGGCAGAAACAUGACCCCCUUUAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAGUCUCUGAAGUAUG--| U A UC A GGCAAU CUGUUG CCAG GCCCUUUU UGUUGUACU CU \ GACGGU GGUU CGGGAAAA AUAACGUGA GA U ACGAUUUCCCCCAGUACAAA^ C A UU C GUAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-130-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUUCUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-130-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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