| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-130-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Gmo-Mir-130-P2b1 Gmo-Mir-130-P3b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Dre-Mir-130-P1a2 Gga-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1a Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a2 Mdo-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1a Tni-Mir-130-P1a2 Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3571: 112285-112343 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUAAGGGAGUCGUCAUGUUGUCGUCCUCUGCCCUUUUCCUCUUGCACUACUGGACGUUGAGAUGAGUAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAUUGGCUGAUGAAACUGAGACACACAUACACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUAAGGGAGUCGUCAUG--|UG U UC CCUC GGACGU U UCG CC UGCCCUUUU UUGCACUACU \ A AGU GG ACGGGAAAA AACGUGAUGA U ACACAUACACACAGAGUCAA^GU C UU UUAU GUAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-130-P1a2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUCCUCUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-130-P1a2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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