| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-130-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-301a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Gmo-Mir-130-P3b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P2b Bta-Mir-130-P2b Cfa-Mir-130-P2b Cja-Mir-130-P2b Cli-Mir-130-P2b Cmi-Mir-130-P2b Cpi-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P2b Dno-Mir-130-P2b Dre-Mir-130-P2b1 Eca-Mir-130-P2b Ete-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P2b Gja-Mir-130-P2b Hsa-Mir-130-P2b Laf-Mir-130-P2b Lch-Mir-130-P2b Loc-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P2b Mml-Mir-130-P2b Mmr-Mir-130-P2b Mmu-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P2b Oan-Mir-130-P2b Ocu-Mir-130-P2b Pab-Mir-130-P2b Pbv-Mir-130-P2b Rno-Mir-130-P2b Sha-Mir-130-P2b Spt-Mir-130-P2b Sto-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P2b Xtr-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4358: 10925-10986 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2b1) |
Mir-130-P3b1
GeneScaffold_4358: 10709-10773 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b1 GeneScaffold_4358: 10925-10986 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAACCCACCUGACAAUGCUGCUGGCAGGUGCUCUGACUUCAUUGCACUACUGUAUUGGACAGCUAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAUCUGAUGGUUGCUGAGAUCAACUCUCCCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAACCCACCUGACAAU-- U GG C UUC---| A GUAUUG GC GCU CAGGUGCU UGAC AUUGCACU CU \ CG UGG GUCUACGA ACUG UAACGUGA GA G AGUCCCUCUCAACUAGAGU U UA A UUAUGA^ C UCGACA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-130-P2b1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACUUCAUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-130-P2b1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAU -62
Get sequence
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