| MirGeneDB ID | Dre-Mir-130-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-301a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Dre-Mir-130-P1b1 Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Dre-Mir-130-P3a1 Dre-Mir-130-P3b1 Dre-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P2b Bta-Mir-130-P2b Cfa-Mir-130-P2b Cja-Mir-130-P2b Cli-Mir-130-P2b Cmi-Mir-130-P2b Cpi-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P2b Dno-Mir-130-P2b Eca-Mir-130-P2b Ete-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P2b Gja-Mir-130-P2b Gmo-Mir-130-P2b1 Hsa-Mir-130-P2b Laf-Mir-130-P2b Lch-Mir-130-P2b Loc-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P2b Mml-Mir-130-P2b Mmr-Mir-130-P2b Mmu-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P2b Oan-Mir-130-P2b Ocu-Mir-130-P2b Pab-Mir-130-P2b Pbv-Mir-130-P2b Rno-Mir-130-P2b Sha-Mir-130-P2b Spt-Mir-130-P2b Sto-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P2b Xtr-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr10: 33377012-33377073 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2b1) |
Mir-130-P3b1
chr10: 33376841-33376905 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b1 chr10: 33377012-33377073 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1b1 chr10: 33377140-33377202 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGCCGGUCCUCAAGUGCUGUUAACAGGUGCUCUGACUUCAUUGCACUACUGUAUUGGACAGCUAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCGUCUGAGAGCAGCUUUGCACGGUGUGUUUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGCCGGUCCUCAAGU-- AA GU C UUC---| A GUAUUG GCUGUU CAG GCU UGAC AUUGCACU CU \ CGACGA GUC CGA ACUG UAACGUGA GA G AAGUUUGUGUGGCACGUUU GA UG A UUAUGA^ C UCGACA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-130-P2b1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACUUCAUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-130-P2b1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCGU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-301a |
