| MirGeneDB ID | Dre-Mir-130-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-301c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Dre-Mir-130-P1b1 Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2b1 Dre-Mir-130-P3a1 Dre-Mir-130-P3b1 Dre-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr10: 17454501-17454563 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a2) |
Mir-130-P1a2
chr10: 17453405-17453463 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a2 chr10: 17454501-17454563 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCCGCGUGCUGAUGUGCUGAGGUCAGCUGCUCUGACGAUGUUGCACUACUGUACCAUCCAUUCUAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAUAGCAUUUAGCCUCUGAUAUGCUCAACGCACACAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUCCGCGUGCUGAUGUGCU-- UC C C ---| A GUACCA GAGG AG UGCU UGACGAU GUUGCACU CU U CUCC UU ACGA ACUGUUA UAACGUGA GA C GGACACACGCAACUCGUAUAGU GA U U UGA^ C UCUUAC 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-130-P2a2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACGAUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-130-P2a2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAUAGCAU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-301c |
