| MirGeneDB ID | Dre-Mir-130-P1b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Dre-Mir-130-P2b1 Dre-Mir-130-P3a1 Dre-Mir-130-P3b1 Dre-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Gga-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Oan-Mir-130-P1b Pbv-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr10: 33377140-33377202 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b1) |
Mir-130-P3b1
chr10: 33376841-33376905 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b1 chr10: 33377012-33377073 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1b1 chr10: 33377140-33377202 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCACCCUGAUUGUGUACUGUCUGUCCAGUGCCCCUUUUAUAUUGUACUACUGAUAACCCAGUUAUUAAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGGGAUUUUUCUCAAAGGUAGGGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCACCCUGAUUGUGUACUG--| U C U A GAUAACCC UCUG CCAGUGCCC UUU AUAUUGUACU CU \ GGAC GGUUACGGG AAA UGUAACGUGA GA A CUGGGAUGGAAACUCUUUUUAG^ C A U C AAUUAUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-130-P1b1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCCUUUUAUAUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-130-P1b1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-130a |
