| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-130c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-130-P1a Mdo-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Dre-Mir-130-P1b1 Gga-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Oan-Mir-130-P1b Pbv-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
2: 172985794-172985856 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b) |
Mir-130-P1b
2: 172985794-172985856 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b 2: 172986787-172986848 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P3b 2: 172999062-172999126 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUUAUUGACUGAAUGGUAUUUGUCUAGUGCCCUUUUUAUGUUGUACUACUAGUGAUCCUGCACAAGAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGUGAUACCAGUCACAUUUCUGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUUAUUGACUGAAUGGUAU--| U U A AGUGAUCC UUG CUAGUGCCCUUUU AUGUUGUACU CU \ GAC GGUUACGGGAAAA UGUAACGUGA GA U CGGGUCUUUACACUGACCAUAGU^ C U C AGAACACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-130-P1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0028514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUUAUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-130c-1-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-130-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-130c-3p |
