| MirGeneDB ID | Cja-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-130-P1c Cja-Mir-130-P2b Cja-Mir-130-P3b Cja-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 190722894-190722953 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a) |
Mir-130-P2a
CM021915.1: 190722894-190722953 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P4a CM021915.1: 190723217-190723276 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGUGGGAUCCCCCCUGCUGGCCGCAGGUGCUCUGACUAGGUUGCACUACUGUGCUCUGAGAAGCAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAUCUGGGACCAGCCUUGGGGACUUCCCUCCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGUGGGAUCCCCCCU-- - G C UAG---| A GUGCU GCUGG CC CAGGUGCU UGAC GUUGCACU CU \ CGACC GG GUCUACGA ACUG UAACGUGA GA C CCCCUCCCUUCAGGGGUUC A - A UUAUAG^ C AGAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-130-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACUAGGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-130-P2a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAU -60
Get sequence
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