| MirGeneDB ID | Xla-Mir-130-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2b3 Xla-Mir-130-P2b4 Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 126920251-126920313 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a4) |
Mir-130-P4a4
NC_030725.1: 126913055-126913114 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a4 NC_030725.1: 126914978-126915041 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a4 NC_030725.1: 126920251-126920313 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a4 NC_030725.1: 126921116-126921174 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUUGGGGGAUAGUAAGCUUGUGUGAGUUGCUCUGACAGUGUUGCACUACUGUGAUCUCAAAUGAAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAUUUCAUUCCAGCACAACUCCAGCUUUUUGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUUGGGGGAUAGUAA-- UGU U C ---| A GUGAUC GCU GUGAG UGCU UGACAGU GUUGCACU CU U CGA UACUU ACGA ACUGUUA UAACGUGA GA C ACGUUUUUCGACCUCAACA CCU U A UGA^ C AGUAAA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-130-P2a4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACAGUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-130-P2a4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAU -63
Get sequence
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