| MirGeneDB ID | Xla-Mir-130-P3a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xla-Mir-130-P2b3 Xla-Mir-130-P2b4 Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mun-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 126914978-126915041 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a4) |
Mir-130-P4a4
NC_030725.1: 126913055-126913114 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a4 NC_030725.1: 126914978-126915041 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a4 NC_030725.1: 126920251-126920313 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a4 NC_030725.1: 126921116-126921174 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUCCCAAUGCCCACAGCCUUAAGGAAGAGACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUGUGCUCAGAGUAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCCUUGAGACACCUUCAUUCUCCAACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUCCCAAUGCCCACAGC-- ---| CU UUUGUG CUUAAGGAAGAGACCCUAU CAAUAUUGC CUGCU C GAGUUCCUUUUCUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U AACAACCUCUUACUUCCACA UUC^ U- UGAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-130-P3a4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-130-P3a4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -64
Get sequence
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