| MirGeneDB ID | Loc-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2b Loc-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Mun-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG20: 1574095-1574160 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a) |
Mir-130-P1a
LG20: 1567777-1567836 [+]
Ensembl
Mir-130-P2a LG20: 1568905-1568967 [+] Ensembl Mir-130-P3a LG20: 1574095-1574160 [+] Ensembl Mir-130-P4a LG20: 1575811-1575871 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAUAACCACGAUCCACCUUCUAGACGAGACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUUGUGCAUAUGUGGAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUGGUUUCGAAGGAAUGUCUUCCGAGUGUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAUAACCACGAUCCA- U - ---| CU UUUUGUG CCUUC AGA CGAGACCCUAU CAAUAUUGC CUGCU C GGAAG UUU GUUCUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA A GGUGUGAGCCUUCUGUAA C G UUC^ U- GGUGUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-130-P3a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-130-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -66
Get sequence
|
