| MirGeneDB ID | Ami-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-301b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1c Ami-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709599.1: 24537-24597 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a) |
Mir-130-P3a
NW_017709599.1: 17735-17798 [-]
UCSC
Mir-130-P2a NW_017709599.1: 24537-24597 [-] UCSC Mir-130-P1a NW_017709599.1: 25792-25850 [-] UCSC |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAUGUGACAGUGGCUGCUGGUAUCGCUGGCUCUGACAAUGUUGCACUACUGUCUGCACAAAUAAAGCAGUGCAAUAAUAUUGUCAAAGCAUUUGGUUCCAGUCCUAAUACAUCCUUAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAAUGUGACAGUGGCUG U CUG C ---| A GUCUGC CUGG AUCG GCU UGACAAUGU UGCACU CU A GACC UGGU CGA ACUGUUAUA ACGUGA GA C GUAUUCCUACAUAAUCCU U UUA A AUA^ C AAUAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha site +2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-130-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACAAUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-130-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUAAUAUUGUCAAAGC -61
Get sequence
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